Compositional profile of rumen contents in Merino lambs: differences between high and low feed conversion efficiency animals

Abstract

La reducción de emisiones de metano (CH₄) por los rumiantes es uno de los principales puntos de debate en el mundo e importantes esfuerzos están destinados a la investigación de estrategias para ello. La selección genética puede realizar una contribución importante, incorporando características de producción animal relacionadas con la sostenibilidad ambiental, como el consumo residual de alimento (RFI), para evaluar la eficiencia de conversión y la cantidad de CH₄ emitido. Existe evidencia de la asociación de perfiles metagenómicos del rumen con ambas características. El control genético del hospedador sobre los perfiles metagenómicos indica que el conocimiento de la microbiota ruminal y su dinámica puede asistir a la selección genética en post de la mitigación de CH₄. Este estudio tiene el objetivo de explorar el perfil composicional del contenido ruminal en corderos Merino, y la identificación de biomarcadores ruminales asociados a RFI y emisiones de CH₄. Para ello se tomaron muestras de líquido ruminal al finalizar las pruebas de eficiencia de conversión, y mediciones de emisiones de CH₄, utilizando cámaras de acumulación portátil, en INIA La Magnolia, Tacuarembó, Uruguay. Se seleccionaron 102 muestras de líquido ruminal para el análisis metagenómico de la microbiota ruminal pertenecientes a animales con información fenotípica y divergente para RFI (Alto RFI: 0,194 y Bajo RFI: -0,201 ±0,115), y rendimiento de CH₄ (Alto CH4MS: 22,082 y Bajo CH4MS: 11,533 ±3,338; Alto CH4Y: 0,029 y Bajo CH4Y: 0,018 ±0,004). Las muestras de líquido ruminal, colectadas mediante sonda esofágica, fueron liofilizadas y enviadas a AgResearch (Nueva Zelanda), donde se realizó la extracción de ADN y secuenciación por el método de secuenciación por representación reducida con enzimas de restricción (RE-RRS). El procesamiento bioinformático y análisis estadístico fueron definidos para identificar marcadores microbianos potenciales vinculados a RFI y CH₄, por tanto, contribuir a la selección y mejora genética de estos caracteres.