Genetic diversity of BoLA-DRB3 gene in Bolivian creole cattle populations

Abstract

El complejo mayor de histocompatibilidad bovino (BoLA), es esencial en la respuesta inmune adaptativa. El gen BoLA-DRB3 fue ampliamente estudiado, pero, existen pocos trabajos en razas criollas. Se investigó la diversidad genética del BoLA-DRB3 en criollos bolivianos evaluando si los criollos del altiplano (HBC) y del trópico (LBC) difieren entre sí. Se muestrearon 61 criollos HBC a >3000 msnm y 160 LBC. Los alelos del BoLA-DRB3 fueron genotipificados por PCR-SBT, calculando el número de alelos (n_a), la heterocigosidad observada (h_o), y esperada (h_e) y el test de neutralidad de Slatkin. El equilibrio de Hardy–Weinberg se evaluó mediante el estadístico F. En el ADN se evaluó diversidad nucleotídica (π), el número de diferencias por pares (NPD) y el número promedio de sustituciones no sinónimas (dN) y sinónimas (dS) utilizando el método de Jukes–Cantor. La selección divergente se calculó por el índice de selección (ω) en cada sitio aminoacídico. Se identificaron 42 alelos reportados y el n_a varió de 26 (HBC) a 36 (LBC), con unos valores de h_o y h_e > 0,885. El análisis de HWE indicó desviaciones de las proporciones teóricas (p<0,05) solo para HBC, y la prueba de neutralidad de Slatkin LBC mostró una distribución uniforme de alelos, consistente con selección balanceada (p=0,007). π y NPD presentaron valores similares en ambas poblaciones (0,07 y ~19,4). Los valores de dN y dS se estimaron para la secuencia completa y para el sitio de unión al antígeno ABS. ABS presentó mayor número de sustituciones, particularmente dN (~0,4) más del doble que dS (~0,17). Los análisis de ω revelaron valores altos en >25 sitios, con los picos más prominentes localizados en el ABS. En conclusión, el ganado criollo boliviano exhibió una alta variabilidad en el gen BoLA-DRB3, indicando su alto valor como recurso zoogenético y la importancia de su conservación.