Genome-wide association study for seropositivity to Bovine Leukosis, Bovine Viral Diarrhea, and Neosporosis in BON cattle from Colombia

Abstract

El ganado Blanco Orejinegro (BON) es un recurso genético de Colombia con un proceso de adaptación tropical. Algunas investigaciones han resaltado la rusticidad y tolerancia de la raza a algunos agentes infecciosos. Actualmente, se desconocen las regiones del genoma asociadas a la variación en la respuesta a enfermedades infecciosas. El objetivo de este trabajo fue identificar regiones del genoma asociadas a la variabilidad en la seropositividad a la Leucosis Bovina, la Diarrea Viral Bovina y la Neosporosis en el ganado BON. Se tomó información de 420 individuos de 14 hatos, y se genotiparon con el chip GGP Bovine150K chip. Después del control de calidad se contó con 107999 SNPs (tasa de llamado>95%; MAF>5%). Se incluyó la información genealógica y fenotípica de seroprevalencia a las infecciones planteadas. Se estimaron componentes de (Co)varianzas mediante un modelo mixto unicaracter. La asociación genómica se realizó mediante un enfoque ssGBLUP utilizando los programas de la familia BLUPF90. Las pruebas de asociación permitieron identificar diferentes regiones con efecto sobre la varianza fenotípica a la seropositividad a los patógenos evaluados. Esas regiones se encontraron dentro o cercanas a diferentes genes relacionados con importantes procesos biológicos y de inmunidad. Algunas de estas regiones fueron previamente reportadas por QTLs relacionados con resistencia a enfermedades en bovinos. Los cromosomas más importantes para la respuesta a los tres agentes infecciosos fueron: BTA6, BTA7, BTA13, BTA15, BTA18, BTA20 y BTA23 y BTA24, evidenciando una correlación genética positiva entre las características. Sin embargo, algunas de las señales más fuerte fueron únicas de acuerdo a la característica evaluada. En general todas las características presentaron múltiples señales genómicas, pero cada una de las regiones individualmente explicaron un porcentaje bajo de la varianza genética (<2%). Estos resultados mejorarán nuestra comprensión biológica y genética de la positividad a algunos agentes infecciosos en ganado BON de Colombia.