Análise do genoma completo para identificar variações associadas à circunferência escrotal em bovinos Charolês
Resumo
A circunferência escrotal é uma das características relacionadas à fertilidade do macho e da fêmea bovina. Seu estudo por meio de ferramentas genéticas e genômicas auxiliaria na descoberta de variação favorável em sua arquitetura genética para promover sua seleção. O objetivo deste trabalho foi realizar um estudo do genoma completo usando um microarray de SNPs, para identificar variações e genes candidatos associados à característica, para o qual foram utilizadas informações de 141 touros Charolês. Quatro marcadores encontrados, rs110416965, rs110130953, rs43423602 e rs29003417, mostraram associação significativa no nível do genoma. Três deles foram encontrados em genes candidatos (RBFOX2, TTF2 e CXCL2) a serem estudados mais especificamente. Essas informações contribuem para o entendimento da arquitetura genética dessa característica.
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Referências
Cammack, K.M., Thomas, M.G. and R.M Enns. 2009. Reproductive traits and their heritabilities in beef cattle. The Professional Animal Scientist, 25:517-528. https://doi.org/10.15232/S1080-7446(15)30753-1
Chen, H.X., Yang, Z.Y., Hou, H.T., Wang, J., Wang, X.L., Yang, Q., Liu, L. and G.W. He. 2020. Novel mutations of TCTN3/LTBP2 with cellular function changes in congenital heart disease associated with polydactyly. Journal of Cellular and Molecular Medicine, 24:13751-13762. https://doi.org/10.1111/jcmm.15950
Iwasaki, S., Miyake, M., Hayashi, S., Watanabe, H., Nagasawa, Y., Terada, S., Watanabe, K., Ohwada, S., Kitazawa, H., Rose, M.T. and H Aso. 2013. Effect of myostatin on chemokine expression in regenerating skeletal muscle cells. Cells Tissues Organs, 198:66-74. https://doi.org/10.1159/000351462
Mutch, J.L. 2017. Identification of genes and gene sets associated with residual feed intake in Hereford, Angus, and Simmental crossbred beef cattle (Doctoral dissertation, Washington State University).
Purcell, S., Neale, B., Todd-Brown, K., Thomas, L., Ferreira, M.A., Bender, D., Maller, J., Sklar, P., De Bakker, P.I., Daly, M.J. and P.C. Sham. 2007. PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses. The American Journal of Human Genetics, 81:559-575. https://doi.org/10.1086/519795
R Core Team (2013). R: A language and environment for statistical computing.
Sharifi, S., Pakdel, A., Ebrahimi, M., Reecy, J.M., Fazeli Farsani, S. and E. Ebrahimie. 2018. Integration of machine learning and meta-analysis identifies the transcriptomic bio-signature of mastitis disease in cattle. PLoS ONE 13: e0191227. https://doi.org/10.1371/journal. pone.0191227
Terakado, A.P.N., Boligon, A.A., Baldi, F., Silva, J.I.V. and L.G. Albuquerque. 2015. Genetic associations between scrotal circumference and female reproductive traits in Nelore cattle. Journal of Animal Science, 93:2706-2713. https://doi.org/10.2527/jas.2014-8817
Turner, S.D. 2018. qqman: an R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots. Journal of Open Source Software, 3:731, https://doi.org/10.21105/joss.00731
Zhang, H., Wang, Z., Wang, S. and H. Li. 2012. Progress of genome wide association study in domestic animals. Journal of Animal Science and Biotechnology, 3:1-10. https://doi.org/10.1186/2049-1891-3-26
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